Este aeropuerto conecta a Cartagena de Indias con 8 destinos nacionales: Bogotá, Cali, Medellín, Bucaramanga, Pereira, Montería, San Andrés y Cúcuta; y con 11 internacionales: Lima, Ciudad de Panamá, Miami, Fort Lauderdale, Atlanta, New York, Toronto, Montreal y Ámsterdam, Orlando y México. Existen 17 conexiones diarias desde Bogotá.
Actualmente 12 aerolíneas operan en el Aeropuerto Internacional Rafael Núñez: